След абдикацията на княз Александър І Батемберг през 1886 г. той е заменен през 1887 г. от Фердинанд І Сакс Кобург Гота. В продължение на една година новият княз е без собствен владетелски щандарт и използва щандарта на своя предшественик. На 29.12.1888 г. за пръв път е издигнат новия княжески щандарт. Няма данни кога е приет морският щандарт на княза и кога са приети останалите флагове във флота. Вероятно това е станало в периода 1888 – 1907 г.

Княжески щандарт

Полето на платнището на щандарта било червено и в средата му бил изобразен обърнат на дясна хералдическа страна изправен златен и коронован лъв. Езикът и ноктите са оцветени в зелено. Полето на платнището било обградено с бордюр от редуващи се триъгълници от четирите страни и са 17 на страна, от които 9 са бели, а 8 са черни, получените ромбове в ъглите били черни.

През 1891 г. бил приет нов вариант на княжеския щандарт, който е използван до абдикацията на Фердинанд І през 1919 г. Полето на платнището на щандарта било червено и в средата му бил изобразен обърнат на дясна хералдическа страна изправен златен и коронован лъв. Върху гърдите на лъва бил изобразен испански щит с цветовете на саксонския герб – хоризонтални редуващи се черни и златни ивици, пресечени от дясно на ляво зелена лента, декорирана с четири трилистни детелини. Езикът и ноктите са оцветени в зелено. Полето на платнището било обградено с бордюр от редуващи се триъгълници от четирите страни и са 17 от всяка страна, от които 5 са жълти, 4 са бели, а 8 са черни, получените ромбове в ъглите били черни.

Щандарт на княгинята

През 1891 г. бил приет щандарт на княгинята, който е използван до абдикацията на Фердинанд І през 1919 г. Той повтарял елементите на княжеския щандарт, но лявата хералдическа половина на щандарта била скосена навътре тип „лястовича опашка”. Полето на платнището на щандарта било червено и в средата му бил изобразен обърнат на дясна хералдическа страна изправен златен и коронован лъв. Върху гърдите на лъва бил изобразен испански щит с цветовете на саксонския герб – хоризонтални редуващи се черни и златни ивици, пресечени от дясно на ляво зелена лента, декорирана с четири трилистни детелини. Езикът и ноктите са оцветени в зелено. Полето на платнището било обградено с бордюр от редуващи се триъгълници от трите страни и са 17 от всяка страна, от които 5 са жълти, 4 са бели, а 8 са черни, получените ромбове в ъглите са черни. На скосената страна триъгълниците били 18, от които от които 6 са жълти, 4 са бели, а 8 са черни, получените ромбове в ъглите и триъгълникът в средата били черни.

Щандарт на престолонаследника

През 1891 г. бил приет щандарт на престолонаследника, който е използван до абдикацията на Фердинанд І през 1919 г. Флагът представлявал гюйс в средата на който бил разположен умален вариант на княжеския щандарт.

Военноморски флаг на Княжество България

За военноморски флаг на Княжеството бил избран правоъгълник с цветовете на националното знаме (три равни ленти – бяла, зелена и червена), с пришит в горния ляв ъгъл червен квадрат с изобразен на него обърнат към флагщока изправен златен и коронован лъв. Езикът и ноктите са оцветени в зелено.

Пряпорец (флаг) на командващия Морската част

Флагът на командващия бил правоъгълен, с цветовете на националното знаме и пришит в горния ляв ъгъл правоъгълник разделен с три равни обратно подредени ленти с цветовете на националния флаг (червена, зелена и бяла). Последната лента от малкия правоъгълник застъпвала голямата зелена лента.

Знаменце (Гюйс)

Гюйсът представлявал бял квадрат с разположени в него един върху друг червен Георгиевски и зелен Андреевски кръстове.

Косица (Вимпел)

Вимпелът представлявал бял триъгълник, завършващ с изрязан навътре ъгъл тип „лястовича опашка”. В края към флагщока бил пришит бял трапец с разположени в него червен Георгиевски и разположен над него зелен Андреевски кръстове.

Флаг за извикване на лоцман

Този флаг представлявал бял правоъгълник с разположени хоризонтално в средата зелена и червена ивици.