*Командващ/ Председател на Военния съвет – Варна
- Щаб
- Военен съвет
- Политически Отдел
- Инженерен отдел
Моторен катер №5603
Щурмова лодка №5604
- Ескадрен миноносец
есминец “Железняков” (1)
есминец №150 “Георги Димитров”(2)
- ОДПЛ (Отделен Дивизион Подводни Лодки) (3) -Варна
подводница №41 (по-късно №801)
подводница №42 (по-късно №802)
подводница №43 (по-късно №803)
- ОДСКР (Отделен Дивизион Стражеви Кораби) - Варна
СКР “Беломорец” (8)
СКР “Черноморец” (8)
- ОДТКА (Отделен Дивизион Торпедни Катери) (4) - Варна
= първи отряд
Торпеден катер №911 проект 123К
Торпеден катер №912 проект 123К
Торпеден катер №913 проект 123К
Торпеден катер №914 проект 123К
Торпеден катер №915 проект 123К
Торпеден катер №916 проект 123К
= втори отряд
Торпеден катер №921 проект 123К
Торпеден катер №922 проект 123К
Торпеден катер №923 проект 123К
Торпеден катер №924 проект 123К
Торпеден катер №925 проект 123К
Торпеден катер №926 проект 123К
= трети отряд (27)
№931 Торпеден катер “Люрсен” (28)
№932 Торпеден катер “Люрсен” (29)
№933 Торпеден катер “Люрсен” (19)
- ВМБ “Варна”
= Дивизион кораби ПЛО
Преследвач на подводници БО-202 проект 122А (12)
Преследвач на подводници БО-203 проект 122А (12)
Преследвач на подводници №411 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №412 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №413 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №414 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №415 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №416 тип ОД-200 (12)
Преследвач на подводници №17 проект 122бис (11)
Преследвач на подводници №18 проект 122бис (11)
Преследвач на подводници №21 тип МО-4 (14)
Преследвач на подводници №22 тип МО-4 (14)
Преследвач на подводници №23 тип МО-4 (14)
Преследвач на подводници №24 тип МО-4 (14)
Стражеви Кораб №15 “Дръзки” проект 50 (10)
Стражеви Кораб №16 “Смели” проект 50 (11)
= Дивизион кораби ПМО (9; 26)
Базов тралщик №17 тип 254 (24)
Базов тралщик №18 тип 254 (24)
Рейдови катер-тралщик №23 проект 255К (7; 25)
Рейдови катер-тралщик №24 проект 255К (7; 25)
Рейдови катер-тралщик №25 проект 255К (7; 24)
Рейдови катер-тралщик №26 проект 255К (7; 24)
Миночистачен катер № 7 проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер № 8 проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер№ 9  проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер №10 проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер №11 проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер №12 проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер №13  проект 501 тип “МЧК”
Миночистачен катер “Балик” (17)
Миночистачен катер “Емона” (17)
Миночистачен катер “Несебър” (17)
= Дивизион спомагателни кораби ОХР (ОХрана на Рейда) (23)
* Дивизион БТЩ (група БТЩ и отряд РКА)
* Отряд големи преследвачи на подводници
* Отряд малки преследвачи на подводници
* Звено стражеви катери
Стражеви катер №431“Бритиш Пауер Бот” (19)
Стражеви катер №432“Бритиш Пауер Бот” (19)
*Хидрографски участък
Хидрографски катер №1900
* Група моторни катери
Стражева яхта №8715 “Свобода” (22)
МКА №8716 „Калацерка”
МКА №8717 „Янко Костов”
МКА №8718 „Максим”
МКА №8719 „Димитър Савов”
МКА №8720 „Варяг”
МКА №8721 „Момчил”
Катери тип „МЧК” 8722-8727 (13)
* Отряд кораби със спомагателно предназначение
Самоходни наливни баржи №8601-8605
Самоходна торедна баржа №8606
Самоходни товарни баржи №8607-8609
Станция за размагнитване №8610
Кораб със спомагателно назначение №8611 „Страцин”
Кораб със спомагателно назначение №8612 „Обзор”
Кораб със спомагателно назначение №8613 „Мими”
Щитова станция №8614 (21)
* Група АСО кораби
Кораб със спомагателно назначение №1801 „Чумерна”
Кораб със спомагателно назначение №1802 „Хр. Ботев”
Водолазни катери тип РКА №1803 - 1804
Водолазен катер №1805 “Емил Марков” (21)
Противопожарен катер №1806
= 2 ОДМЗ (Отделен Дивизион Минни заградители)
№601 Десантна баржа тип “БДБ”
№602 Десантна баржа тип “БДБ”
№201 Десантна баржа тип “БДБ”
№202 Десантна баржа тип “БДБ”
= Батареи нарезна артилерия
= Участък НиС (Наблюдение и Свръзки)
= Командни пунктове и свързочни възли
= Хидрографска служба
Хидрографски кораб №5601
Хидрографски кораб №5602
= Сужба „Въоръжение и кораборемонт”
Плаващ док №2001
= Тил

- ВМБ “Бургас”
= Дивизион кораби ПЛО
БО №17 пр. 122бис
БО №18 пр. 122бис
= Дивизион кораби ПМО
Спомагателен миночистач “Устрем”
Миночистачен катер №2 тип “МЧК”
Миночистачен катер №3 проект 501 тип “МЧК”  (20)
Миночистачен катер №4 проект 501 тип “МЧК” (20)
Миночистачен катер №5 проект 501 тип “МЧК” (20)
Миночистачен катер №6 проект 501 тип “МЧК” (20)
= Дивизион спомагателни кораби ОХР (ОХрана на Рейда)
Щабен катер “Бритиш Пауер Бот” (19)
Миноносец “Дръзки” (15)
Миноносец “Смели” (15)
Миноносец “Храбри” (15)
Миноносец “Строги” (15)
= 7 ОДМЗ (Отделен Дивизион Минни заградители)
№203 Десантна баржа тип “БДБ” (18)
№204 Десантна баржа тип “БДБ” (18)
№205 Десантна баржа тип “БДБ” (18)
№? Десантна баржа тип “БДБ” (18)
№? Десантна баржа тип “БДБ” (18)
№? Десантна баржа тип “БДБ” (18)
= Батареи нарезна артилерия
= Участък НиС (Наблюдение и Свръзки)
= Командни пунктове и свързочни възли
= Хидрографска служба
= Тил
- Командване Брегова артилерия
- Кадри
- Въоръжение и Кораборемонт (ВКР)
- Химическа служба
- Тил

- Водосамолетно ято – летище “Чайка”, Варна
= авиокрило с 12 Ar-196 “Акула”(5)
= летищна рота
= охранителен взвод
= МТО
* Дунавска флотилия
- Щаб
- Плаваща база
- Политически отдел
- Дивизион Бронекатери
9 бронекатера проект 1124
1 бронекатер проект 1125
- Дивизион миночистачи и вехопоставячи
4 катера миночистачи
4 катера вехопоставячи
- Отряд спомагателни катери
4 стражеви катера
- Противоминно наблюдение и свръзки
- Хидрографски отдел
- База Лом
- Ремонтни работилници и складове
- ВВМУ “Никола Вапцаров”
Учебен кораб “Камчия”
Учебен кораб “Асен” (6)
Учебен кораб “Никола Йонков Вапцаров”
Учебен кораб “Веслец”(6)