1. Капитан-лейтенанат Александър Егорович Конкеевич 01.08.1879-25.06.1883 г.

2. Лейтенант Митрофан Бал 25.06.1883-30.07.1883 г.

3. Капитан-лейтенант Зиновий Петрович Рожественский 30.07.1883-14.10.1885 г.

4. Инженер-капитан Симеон Ванков 14.10.1885-28.12.1885 г.

5. Капитан Еспер Серебряков Бланк 28.12.1886-09.08.1886 г.

6. Полковник Панайот Ангелов 09.08.1886-01.01.1899 г.*

7. Капитан II ранг Пол Пишон декември 1897-01.07.1908 г.

. Капитан I ранг Станчо Димитриев 01.07.1908-15.04.1911 г.

9. Подполковник Руси Лудогоров 23.05.1911- 18.01.1914 г.

10. Генерал-майор Константин Кирков 18.01.1914-12.05.1919 г.

11. Капитан ІІ ранг Рашко Серафимов 12.05.1919-24.10.1919 г.

12. Капитан I ранг Лазар Драганов 24.10.1919-31.12.1922 г.

13. Капитан I ранг Сава Стефанов 01.01.1923-29.05.1933 г.

14. Капитан I ранг Иван Вариклечков 02.06.1933-05.12.1935 г.

15. Капитан I ранг Сава Иванов 05.12.1935-01.04.1937 г.

16. Контраадмирал Иван Вариклечков 01.04.1937-26.11.1939 г.

17. Контраадмирал Асен Тошев 26.11.1939-25.09.1944 г.

18. Капитан I ранг Георги Пецов 25.09.1944-08.12.1944 г.

19. Капитан I ранг Стефан Цанев 08.12.1944-03.08.1946 г.

20. Подполковник Спиридон Данаджиев 03.08.1946-10.08.1946

21. Капитан І ранг Атанас Шалапатов 10.08.1946 -31.10.1947 г.

22. Капитан I ранг Кирил Халачев 31.10.1947-31.08.1950 г.

23. Адмирал Бранимир Орманов 31.08.1950-18.08.1960 г.

24. Адмирал Иван Добрев 18.08.1960-16.10.1972 г.

25. Адмирал Васил Янакиев 16.10.1972-15.08.1990 г.

26. Вицеадмирал Димитър Павлов 15.08.1990-30.12.1991 г.

27. Вицеадмирал Венцислав Велков 30.12.1991-15.02.1995 г.

28. Адмирал Христо Контров 04.05.1995-05.05.1998 г.

29. Вицеадмирал Петър Панчев Петров 1998-2002 г.

30. Контраадмирал Нейко Петров Атанасов 2002-2003 г.

31. Контраадмирал Емил Иванов Люцканов 2003-2004 г.

32. Контраадмирал Минко Кавалджиев 2004-07.07.2009

33. Контраадмирал Пламен Манушев 07.07.2009-

* До 01.01.1899 г. полковник Панайот Ангелов е командир на Дунавската флотилия. От тази дата е обявено обединяването й с Морската част под общото командване на капитан ІІ ранг Пол Пишон, който дотогава е командир само на морската част.